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演讲摘要：芒果是世界上第二大热带果树作物。构建芒果基因组图谱，并对其进行解析，将为芒果种质资源研究及分子设计育种打开全新窗口。在对芒果种质资源进行系统考察的基础上，我们开展了芒果基因组研究工作，获得了芒果基因组精细图谱，组装结果为：contigs的N50为3.5Mb、Scaffold的N50为17.6Mb、BUSCO的mapping率达到96%；进一步通过HiC和芒果连锁图谱，将90%以上的scafffolds锚定到了20条芒果染色体。在对52份芒果资源进行浅度测序的基础上，发现存在于中国南方的芒果农家种的遗传背景与其它主流芒果种质资源存在显著差异，表明其为独立驯化形成的芒果种质。发现包括芒果等漆树科在形成后，在3300万年前发生了一次全基因组复制事件，该事件发生后，多数双拷贝的基因均丢失，然而与碳固定和能量代谢相关的双拷贝基因被选择性地保留于基因组中。发现与漆酚合成相关的CHS基因在芒果基因组中出现了显著扩增，进一步分析表明其扩增主要由串联复制和全基因组复制造成。本次报告中，我将报告项目开展过程中遇到的挑战及解决方法，并将讨论测序技术飞速发展的背景下组学研究中存在的open questions。
讲者简介：中国热带农业科学院农业基因组平台主任，海南省青年联合会委员，海南省南海名家青年项目获得者。2002年本科毕业于华南农业大学，2007年博士毕业于复旦大学，2008-2012年先后在加拿大阿尔伯塔大学和美国内布拉斯加大学开展博士后研究。2012年11月起，在中国热带农业科学院工作。主要从事热带植物和水生植物基因组学研究工作，搭建了植物基因组分析和基因挖掘平台，目前开展热带果树、热带濒危植物和水生植物的基因组解析和基因挖掘研究。
第五届中国计算机学会生物信息学会议
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